En 1968, la Conférence de la Biosphère organisée par l’UNESCO est la première réunion mondiale à porter sur la question de la vie sur Terre.
24 ans plus tard, la Convention sur la diversité biologique signée lors du Sommet de la Terre de Rio de Janeiro de 1992 installe la diversité biologique sur le devant de la scène politique internationale. Lors du Sommet du développement durable de Johannesburg en 2002, la communauté internationale adopte l’objectif de réduire la perte de biodiversité à l’horizon 2010. 20 objectifs constituent depuis octobre 2010 le cadre international d’action pour protéger la biodiversité : ce sont les objectifs d’Aichi.

Du côté de l’Union européenne, deux directives dédiées à la protection de la biodiversité entrent en application dès le XX^e siècle : la directive oiseaux en 1979, et la directive habitats-faune-flore en 1992. En 2000, la directive cadre sur l’eau (DCE) place le vivant au cœur des objectifs de bon état écologique des eaux de toute l’Union européenne (en savoir plus sur la DCE et sa mise en œuvre). Depuis 2011, ce cadre est complété d’une stratégie pour la biodiversité dont l’objectif est d’enrayer la perte de biodiversité dans l’Union d’ici à 2020.

En ce qui concerne strictement la France, la loi sur l’eau et les milieux aquatiques (LEMA) a introduit en 2006 de nombreuses dispositions pour protéger la biodiversité aquatique. La seconde stratégie nationale pour la biodiversité, pour la période 2011-2020, ambitionne un engagement des acteurs dans tous les secteurs d’activité et à toutes les échelles territoriales afin de préserver, restaurer, renforcer et valoriser la biodiversité française. En 2016, la loi pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages est adoptée pour améliorer la protection et la valorisation du patrimoine naturel français. A cette occasion l’Office français de la biodiversité (OFB) est créée. Dans les régions, des discussions peuvent avoir lieu entre l’Etat et les Conseils régionaux pour créer des agences régionales de la biodiversité (ARB)..

En juillet 2018, dans un contexte d’accélération de la dégradation de l’environnement le plan biodiversité est adopté en conseil des Ministres. Il vise à renforcer à court terme la dynamique de mobilisation sur cet enjeu à tous les niveaux pour renverser les tendances concernant la disparition de la biodiversité. Le Plan compte une centaine de mesures articulées autours de 3 axes principaux : la fin de l’artificialisation des sols, la lutte contre la pollution des plastiques, et le soutien à la préservation de la biodiversité dans le domaine agricole. 

Bien que 130 000 espèces soient à ce jour identifiées dans les milieux aquatiques du monde entier, la connaissance de la biodiversité aquatique demeure incomplète (en savoir plus sur la biodiversité). Pourtant, elle est essentielle pour juger de l’état des milieux aquatiques, suivre leur évolution, et définir en conséquence les priorités d’action pour garantir leur protection (en savoir plus sur l’état de la biodiversité). Pour compléter cette connaissance, de nombreux acteurs interviennent.

À travers leurs activités de recherche, les chercheurs recueillent de nombreuses données qui permettent d’améliorer la compréhension et la connaissance de la biodiversité aquatique. Depuis 2008, la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) est chargée de favoriser les travaux de recherche sur la biodiversité.

Par leurs observations notamment, les professionnels de la gestion de l’eau et des milieux naturels participent aussi à cette amélioration de la connaissance : par exemple lorsque des prélèvements sont réalisés dans une rivière pour en évaluer l’état écologique (en savoir plus sur l’état écologique des rivières).

Enfin, la participation d’observateurs bénévoles est particulièrement importante. Appelées sciences participatives, ces démarches sont nombreuses. Elles permettent à tous de contribuer à l’amélioration des connaissances sur la biodiversité, chacun à la hauteur de ses propres compétences en la matière.

En complément de l’acquisition de données, il est essentiel d’en assurer l’organisation et le partage, notamment à l’aide de systèmes d’information.
Le système d’information sur l’eau (SIE) Eaufrance rassemble ainsi les données collectées dans le cadre de la gestion de l’eau, dont certaines portent sur la biodiversité aquatique.
Le système d’information sur la nature et les paysages (SINP) rassemble quant à lui toutes les données liées aux espèces et aux habitats, dont certaines relèvent des milieux aquatiques.
Enfin, le système d’information sur le milieu marin (SIMM) incluent des données liées aux eaux marines et littorales.
Ces dispositifs seront bientôt complétés par un système d’information sur la biodiversité (SIB).

La protection de la biodiversité implique la protection  des  espèces, particulièrement pour les espèces menacées, et la protection des espaces, qu’il s’agisse d’habitats d’espèces vulnérables, de réserves de petites envergures ou de grandes aires protégées. Dans les deux cas, cette protection se concrétise  par une réglementation plus ou moins stricte, ou par des systèmes incitatifs ou contractuels, basés sur l’incitation, la mise en place de conventions, etc.

La protection des espèces s’appuie sur des listes établies aux niveaux national, régional et départemental. Ces listes d’espèces protégées sont fixées par arrêté. La destruction, le commerce et la perturbation de ces espèces sont interdits par le code de l’environnement.

En outre, pour les espèces les plus menacées, des plans nationaux d’actions (PNA) sont élaborés par l’État. Ils ont pour objectif de conserver l’état d’une espèce et si possible de l’améliorer vers un état plus favorable. Ils contiennent une liste d’actions en faveur de l’espèce, qui peuvent être mises en oeuvre sur une durée de 5 à 10 ans. Plusieurs espèces des milieux aquatiques ont fait ou font l’objet d’un PNA : loutre d’Europe, vison d’Europe, esturgeon européen, tortues marines en Outre-mer, etc.

Des listes rouges ont pour vocation d’identifier les espèces menacées, pour guider les politiques et les stratégies de conservation. Elles sont élaborées à l’échelle nationale par l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN), et peuvent faire l’objet de déclinaisons régionales.

Au niveau mondial, la Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvage menacées d’extinction (CITES) a pour but de veiller à ce que le commerce ne menace pas la survie des espèces listées en annexe à la Convention (plus de 35 000 espèces listées).

La protection des espaces porte en premier lieu sur les habitats naturels protégés, dont la destruction, l’altération et la dégradation sont interdites. Ces habitats sont identifiés par arrêté, au même titre que les espèces protégées.

Il existe également des mesures de protection s’appliquant à des zones délimitées : les aires protégées. Les règles qui s’appliquent sont plus ou moins strictes selon les types d’aires protégées. Par exemple, les parcs nationaux, les réserves naturelles et les aires de protection de biotope instaurent une protection forte, en y interdisant certaines activités (chasse, agriculture, sylviculture, etc.), voire toutes les activités. D'autres aires protégées reposent sur l’engagement des usagers de la zone : parcs naturels marins, aires Natura 2000 et parcs naturels régionaux. 

Un dispositif est spécifiquement dédié à la biodiversité des rivières : le classement des cours d’eau au titre du code de l’environnement. Il permet la protection de certains cours d’eau identifiés en raison de leur très bon état écologique ou du besoin de restaurer la circulation des poissons, en particulier migrateurs (en savoir plus sur la continuité écologique).

Enfin, la protection des espaces est facilitée par l’identification de certaines zones d’importance particulière. Ainsi, les ZNIEFF (zones naturelles d’intérêt écologique, faunistique et floristique) identifient et délimitent les zones remarquables pour leur biodiversité, afin notamment d’en tenir compte dans l’aménagement du territoire. Les trames vertes et bleues sont des dispositifs administratifs et techniques,  destinés à l’identification, la protection et la restauration des continuités écologiques.

Par ailleurs, au titre de la Convention de Ramsar, une cinquantaine de sites en France sont identifiés comme zones humides d’importance internationales, ce qui contribue à attirer l’attention sur l’importance de les préserver.

En complément des mesures de protection s’appliquant aux êtres vivants et aux territoires qui les abritent, il est nécessaire de réduire les pressions qui s’exercent sur la biodiversité (en savoir plus sur les causes de l’érosion de la biodiversité) : destruction des habitats, pollution, espèces exotiques envahissantes, prélèvements d’espèces et changement climatique.

Pour limiter les atteintes aux habitats, la maîtrise de l'artificialisation des milieux et des sols   est essentielle (en savoir plus sur l’artificialisation). La réglementation dite IOTA (installations, ouvrages, travaux et aménagements) encadre pour cela les projets susceptibles de porter atteinte aux milieux aquatiques, et précise les modalités d’entretien des milieux, afin d’éviter les actions qui pourraient nuire à la biodiversité. 

La réglementation liée à l’urbanisme contribue également à limiter l’artificialisation, parce qu’elle permet de limiter les aménagements sur certains espaces naturels. Des mesures de protection de la continuité écologique comme des aménagements techniques pour faciliter le passage des poissons existent (en savoir plus sur les obstacles à l’écoulement). L’encadrement des prélèvements d’eau est également réglementé (en savoir plus sur les prélèvements d’eau).

La lutte contre la pollution requiert en premier lieu de réaliser une épuration des eaux usées avant de les rejeter dans le milieu naturel, qu’il s’agisse d’eaux usées urbaines comme d’effluents industriels ou agricoles (en savoir plus sur la pollution de l’eau). Les activités économiques susceptibles de rejeter des polluants dans l’eau font l’objet d’une réglementation dédiée, appelée ICPE (installations classées pour la protection de l’environnement). Par ailleurs, de nombreux dispositifs s’appliquent aux substances elles-mêmes : autorisations de mise sur le marché, interdiction des produits les plus dangereux, règles strictes d’usages pour d’autres, etc.

La prévention des espèces exotiques envahissantes s’avère plus efficace que la gestion curative, parce qu’il est souvent difficile de les éradiquer une fois qu’elles sont implantées (en savoir plus sur les espèces exotiques envahissantes). Un règlement européen y est dédié depuis 2014 : il encadre le commerce d’espèces sauvages et impose la mise en œuvre de systèmes de détection précoce de nouvelles espèces introduites.

Plusieurs mesures visent à réduire les prélèvements d’espèces. Pour les prélèvements accidentels, des techniques existent par exemple pour éviter les chocs avec des mammifères marins lors de la navigation en mer, ou pour limiter l’impact des turbines des centrales hydro-électriques sur les poissons migrateurs. Concernant l’exploitation d’espèces vivantes (en savoir plus sur la pêche professionnelle et les loisirs liés à l’eau), l’objectif est de parvenir à une exploitation durable des populations, à l’aide de l’attribution de quotas permettant de réguler l’activité de pêche, de chasse ou de cueillette. Les pratiques de loisir requièrent pour leur part l’obtention d’un permis dédié.

Toutes ces mesures doivent être complétées par la lutte contre le changement climatique (en savoir plus sur le changement climatique).

Toutes ces mesures de protection de la biodiversité et d’encadrement des usages et des activités ne suffisent pas à enrayer la croissance des pressions qui impactent la biodiversité et provoquent l’érosion du vivant. Des actions curatives peuvent être mises en œuvre.

Le repeuplement peut contribuer à la préservation de certaines espèces menacées. C’est notamment le cas pour l’Anguille européenne, qui est en danger critique d’extinction. Dans le cadre du plan national de gestion de l’anguille, une part importante des civelles - nom des juvéniles de l’espèce - capturées par la pêche professionnelle sont relâchées dans des rivières en bon état écologique.

La restauration peut aussi être réalisée à l’échelle des habitats d’espèces. L’objectif est alors de restaurer la morphologie et l’hydrologie des milieux aquatiques, deux paramètres qui sont responsables de l’existence d’une mosaïque d’habitats dans les écosystèmes. Pour cela, les travaux réalisés visent à rétablir une hétérogénéité naturelle et à permettre la connectivité avec les milieux environnants et leurs habitats. Les savoirs et compétences mises en oeuvre sont qualifiées d’ingénierie écologique.

Toutefois, les milieux aquatiques et la biodiversité qu’ils abritent évoluent sur des pas de temps parfois assez long, en particulier concernant la recolonisation des milieux par les espèces. Les actions de restauration ne peuvent donc se substituer aux actions à la source, c’est-à-dire celles qui s’attaquent aux pressions qui s’exercent sur elle.

LA BIODIVERSITÉ DES MILIEUX AQUATIQUES

L'état de la biodiversité aquatique
Une biodiversité aquatique menacée
Préserver et restaurer la biodiversité aquatique
La continuité écologique