La meilleure solution demeure d’éviter d’aménager les milieux et les sols. Sur un territoire donné, certaines activités sont ainsi à privilégier par rapport à d’autres, parce qu’elles ne nécessitent pas d’aménager les milieux. Par exemple, l’utilisation des prairies humides pour le pâturage peut se faire sans drainer ces espaces, au contraire de leur mise en culture (maïs, céréales, etc.). C’est une manière de les exploiter tout en conservant leur fonctionnement naturel.

La réglementation encadre la réalisation de certains aménagements à travers la procédure des installations, ouvrages, travaux et aménagements soumis à la Loi sur l’eau, dite « procédure IOTA ». Les projets concernés par cette réglementation, comme par exemple la création d’un barrage sur un cours d’eau, nécessitent une autorisation des services de police de l’eau (en savoir plus sur la réglementation). Les projets réalisés de manière non conforme doivent faire l’objet d’une remise en état.

Cette réglementation couvre aussi l’entretien des milieux. Par exemple, si le retrait des arbres tombés dans un cours d’eau est obligatoire, afin d’éviter les embâcles, les travaux susceptibles de déstabiliser les berges, comme l’arrachage des souches ou le talutage mécanique, sont soumis à autorisation ou déclaration. De même, le curage du lit d’une rivière est à proscrire dans la mesure où il détruit les habitats naturels et peut accentuer le phénomène d’érosion.

Ralentir le rythme d’artificialisation des sols est également un enjeu. Les documents d’urbanisme tels que les PLU (plans locaux d’urbanisme) et les SCoT (schémas de cohérence territoriale) doivent ainsi identifier, au niveau local, les terres qui peuvent faire l’objet d’une urbanisation et les espaces qui doivent être préservés (terres agricoles, espaces naturels).

Lorsque des aménagements ou des travaux ont été autorisés et sont réalisés, il convient de privilégier les pratiques les moins impactantes pour le milieu. Par exemple, lors de la construction d’un pont sur une rivière, il est possible de minimiser la fragmentation du milieu en veillant à ce que les animaux et les sédiments puissent passer sous le pont.

Le Code de l’environnement impose par ailleurs aux projets autorisés de respecter la séquence dite « éviter, réduire, compenser » (ERC). Son objectif est d’éviter les atteintes à l’environnement, de réduire au mieux celles qui ne peuvent pas être évitées, et - en dernier recours seulement - de compenser leurs effets résiduels. La bonne application de cette séquence contribue fortement à limiter l’artificialisation des milieux.

Par ailleurs, de nombreuses techniques peuvent être mises en œuvre dans les espaces artificialisés pour les rendre perméables à l’infiltration des eaux : revêtements permettant l’infiltration des eaux, toitures végétalisées, collecte des eaux de pluie vers des réservoirs d’infiltration, etc. Le Code de l’urbanisme abrite plusieurs dispositions relatives aux surfaces imperméables, visant notamment à limiter leur extension : par exemple, lors de la construction d’un nouveau centre commercial, une partie du parking doit être constituée de revêtements perméables.

Il est difficile et coûteux de procéder à la restauration des terres recouvertes de bitume. La désimperméabilisation est pourtant une solution intéressante pour diminuer les risques d’inondation et de sécheresse dans certains bassins versants. Les projets de rénovation en zone urbaine ont souvent l’opportunité d’intégrer des actions de désimperméabilisation, même en centre-ville : la rénovation d’une route peut ainsi être l’occasion de désimperméabiliser des trottoirs, des parkings, des ronds-points ou des voies cyclables.

Parfois, l’usage à l’origine de l’aménagement d’un milieu n’est plus d’actualité. Dans ces situations, il est possible de restituer au milieu un fonctionnement plus naturel grâce à une restauration écologique. C’est le cas de certains barrages présents sur des rivières, qui peuvent être effacés (il s’agit d’un  « arasement ») pour permettre au cours d’eau de retrouver une hydromorphologie plus libre.
C'est aussi le cas de la rectification de rivières qui modifie le tracé en plan du cours d'eau (raccourcissement d'une portion de cours d'eau sinueux ou méandriforme), permettant d'accroître sa capacité d'évacuation par augmentation de la vitesse du courant.