Les eaux côtières sont des écosystèmes dynamiques. La houle, qui se forme sous l’effet du vent, agite continuellement la surface de l’eau, et se propage plus ou moins en profondeur.
Sur le littoral, elle donne naissance aux vagues, qui déferlent sur les côtes.

À cette agitation permanente s’ajoutent les oscillations quotidiennes des marées pour les zones macrotidales. Le marnage, écart entre marée haute et marée basse, est très élevé dans la Manche (jusqu’à 13 mètres par forts coefficients), mais limité en mer Méditerranée (moins d’un mètre).

Dans les Outre-mer, les marées sont aussi très faibles aux Antilles françaises et à la Réunion, mais peuvent dépasser 3 mètres en Guyane française et à Mayotte.

Les eaux côtières subissent aussi des variations saisonnières. Elles sont liées en premier lieu aux variations du climat, ainsi qu’aux évolutions des apports fluviaux au fil des saisons. Au maximum en période de crue, ces apports diminuent drastiquement lors des étiages. Toutes ces fluctuations entraînent des différences entre les saisons : sens et force des courants, intensité des vagues, température de l’eau, salinité, etc.

À long terme, l’emplacement des côtes n’est pas figé : le rapport de force entre la mer et la terre n’est pas nécessairement équilibré. L’énergie de la mer (vagues, marées, courants) se dissipe au contact du rivage.

Si la mer domine, elle emporte les sédiments de la rive ou ronge les falaises. La côte recule alors lentement : il s’agit de l’érosion côtière.

Au contraire, si le volume de sédiments excède la capacité des vagues et des courants à les déplacer, ceux-ci s’accumulent: on parle alors d’engraissement de la côte. Ces phénomènes sont parfois visibles à l’échelle d’une baie ou d’un estuaire et l’on parle alors du poulier et du musoir pour respectivement la zone engraissée et la zone érodée.

Aujourd’hui, les littoraux français présentent globalement une tendance à l’érosion. Cette tendance est en partie naturelle, mais peut être accentuée par les activités humaines lorsqu’elles modifient le bilan sédimentaire du littoral ou selon le degré d’artificialisation de la côte.
Plus indirectement, l’élévation du niveau de la mer liée au changement climatique augmente sa capacité à éroder le littoral (en savoir plus sur l’érosion côtière).

Les habitats benthiques des eaux côtières se répartissent, de la côte vers le large, selon plusieurs étages ou niveaux de profondeur.
Sur le rivage, l’estran est la zone soumise au balancement quotidien des marées. Son étendue dépend de la pente de la côte et du marnage.
À la suite, se trouve l’étage infralittoral. Au contraire de l’estran, celui-ci n’est jamais découvert par la marée. Il s’étend jusqu’à ce que la profondeur de l’eau devienne trop importante pour permettre la pénétration de la lumière (entre 10 et 40 m de profondeur selon la turbidité locale).
Au-delà de cette limite se trouve l’étage circalittoral, où la lumière résiduelle est très faible. L’étage circalittoral s’arrête à environ 200 m de profondeur.

La forme de la côte - rocheuse, sableuse, présence de falaises - et la nature des fonds marins – rocheux, sableux, vaseux, hétérogènes – sont également un facteur de la grande diversité d’habitats dans les eaux côtières.

Les eaux côtières accueillent ainsi des habitats particuliers, liés à la présence de certaines espèces dont la forte densité structure un milieu de vie original car elles sont support pour d’autres espèces. Certains de ces habitats nécessitent une vigilance accrue du fait de leur fragilité ou vulnérabilité à certaines pressions humaines.

Les bancs de maërl sont constitués de plusieurs espèces d’algues qui se calcifient au cours de leur développement, édifiant progressivement une structure calcaire parfois épaisse de plusieurs mètres. Très riches en biodiversité, les bancs de maërl peuvent être considérés comme les récifs coralliens de métropole.

Les récifs d’hermelles sont formés par un ver marin, qui possède la particularité de fabriquer un tube de sable. Pouvant former des densités importantes (plusieurs dizaines de milliers de vers par mètre carré), les tubes sont construits les uns contre les autres et donnent naissance à des récifs. Les plus grands récifs d’hermelles se trouvent dans la baie du Mont-Saint-Michel.

Les herbiers de zostères et de posidonies forment des forêts sous-marines, refuges pour de nombreux animaux. Ces espèces ne sont pas des algues mais des plantes à fleurs sous-marines. Les herbiers de posidonies ne s’observent que sur le littoral méditerranéen, alors que les zostères s’observent sur l’ensemble du littoral métropolitain.

Dans les Outre-mer tropicaux, les récifs coralliens sont édifiés par des polypes (animaux proches des méduses) qui fabriquent un squelette de calcaire en symbiose avec des algues (les zooxanthelles) et se développent en colonies. Alors qu’ils couvrent généralement des surfaces restreintes, ils hébergent une exceptionnelle biodiversité.

Les aires marines protégées
Une aire marine protégée est un espace délimité en mer au sein duquel un objectif de protection de la nature est fixé à long terme. Elles peuvent être de plusieurs sortes : parcs nationaux, réserves naturelles, aires de protection de biotopes, parcs naturels marins, sites Natura 2000 et domaine public maritime relevant du Conservatoire du littoral.
Consulter le site des données des aires marines protégées françaises

L'Ifrecor, Initiative française pour les récifs coralliens promeut sur le plan local, national et international, la protection et la gestion durable des récifs coralliens et des écosystèmes associés (mangroves et herbiers) dans les collectivités d'Outre-mer.

Le réseau européen Natura 2000 propose des outils fondamentaux de la politique européenne de préservation de la biodiversité. Les sites Natura 2000 visent une meilleure prise en compte des enjeux de biodiversité dans les activités humaines et sont désignés pour protéger un certain nombre d’habitats et d’espèces représentatifs de la biodiversité européenne.
La liste précise de ces habitats et espèces est annexée à la directive européenne oiseaux et à la directive européenne habitats-faune-flore.
Consultez la carte des sites Natura 2000

Les eaux côtières abritent une immense biodiversité, en partie encore inconnue. Les organismes planctoniques y jouent un rôle essentiel. Constitués d’algues microscopiques (le phytoplancton) et d’animaux de très petite taille (le zooplancton), leur développement varie au fil des saisons, contrôlé par la température, la lumière et la disponibilité en nutriments.
Le plancton constitue une ressource alimentaire pour de nombreux organismes filtreurs (mollusques, poissons, mammifères marins, etc.).

Les espèces qui occupent le fond des eaux côtières ne sont pas les mêmes s’il est rocheux (espèces des fonds durs) ou sableux (espèces des fonds meubles). La végétation est surtout composée d’algues, mais quelques espèces de plantes à fleurs peuvent s’observer.

Les animaux vivant sur le fond sont principalement des invertébrés : crustacés, mollusques, anémones, etc. Parmi les espèces emblématiques :  le fucus vésiculeux, la palourde (espèce de fonds meubles) ou la moule commune (espèce de fonds durs). Les espèces qui se trouvent sur l’estran supportent l’exposition temporaire à l’air libre, ou trouvent refuge dans des trous d’eau. Celles qui vivent systématiquement immergées, comme les éponges, occupent l’infralittoral. Dans le circalittoral, la faible luminosité ne permet plus la croissance des végétaux : seuls des invertébrés vivent sur le fond.

Les eaux côtières accueillent de très nombreuses espèces de poissons, qui se répartissent entre les différents milieux selon leurs besoins, notamment en nourriture.
Si certains se nourrissent de plancton ou d’algues, leur régime alimentaire inclut généralement des invertébrés vivants sur le fond - cas de la petite roussette - et d’autres poissons.
L’abondance d’invertébrés et de petits poissons confère aux eaux côtières un rôle de nourricerie pour certaines espèces du large : la croissance des juvéniles se passe sur la côte.
Enfin, les eaux côtières sont fréquentées par des oiseaux, des reptiles et des mammifères marins, qui s’y nourrissent surtout de poissons.

Retrouvez sur le Portail National des données sur les Poissons Migrateurs (Ponapomi) les données portant sur 11 espèces migratrices de France métropolitaine, et accédez à des informations complémentaires.

Les données d’inventaire d’espèces (dont les espèces aquatiques) sont accessibles sur le site de l’INPN.
Consultez les données de plus de 178 000 espèces.