Les prélèvements d’eau pour les activités agricoles contribuent à l’abaissement des niveaux d’eau des cours d’eau, plans d’eau et nappes souterraines (en savoir plus sur les prélèvements). En période sèche, ces prélèvements peuvent donc accentuer les basses eaux naturelles des milieux aquatiques et des nappes et leurs conséquences (en savoir plus sur la sécheresse). C’est en particulier le cas des prélèvements pour l’irrigation, qui interviennent lorsque les besoins des plantes dépassent la quantité d’eau disponible naturellement - surtout de mai à septembre - et coïncident généralement avec la période d’étiage naturel des cours d’eau.

Après utilisation de l’eau, les eaux usées agricoles - généralement appelées effluents - peuvent présenter un risque pour les milieux : les substances nutritives contenues dans les effluents d’élevage épandus sur les cultures peuvent en effet être entraînées par l’eau des précipitations jusque dans les cours d’eau et les nappes souterraines (en savoir plus sur la pollution par les nutriments).

Les autres effluents agricoles - restes de préparations phytosanitaires, eaux de lavage des équipements - ne doivent pas être rejetés dans les milieux avant traitement spécifique. En cas de traitement insuffisant ou de rejet direct, ils sont susceptibles de provoquer une pollution des milieux (en savoir plus sur les rejets polluants). En outre, les substances phytosanitaires et les engrais épandus sur les cultures sont susceptibles d’être emportés par les précipitations, contaminant alors les écosystèmes aquatiques et les eaux souterraines (en savoir plus sur les pollutions d’origine diffuse).

La transformation des milieux, qu’il s’agisse du drainage des milieux humides ou de l’artificialisation des cours d’eau, modifie leur fonctionnement naturel. Ces travaux sont susceptibles d’avoir de nombreuses conséquences : dégradation de l’état des milieux, accentuation des crues et des étiages, etc. (en savoir plus sur l’artificialisation des milieux). Enfin, le travail de la terre peut fragiliser certains sols, avec pour conséquence une moins bonne infiltration et une accentuation du phénomène d’érosion (en savoir plus sur l’érosion).

Par leurs bonnes pratiques, les exploitants agricoles contribuent à la préservation de la ressource en eau et des milieux aquatiques. L’utilisation des techniques culturales les plus performantes, comme par exemple l’irrigation par goutte à goutte, permet de réduire les volumes d’eau utilisés. L’application d’intrants conformément aux prescriptions et à la réglementation permet de diminuer les risques de pollution des milieux. Ainsi, le maintien d’une zone non traitée (ZNT) à proximité des points d’eau évite les contaminations directes par les substances de traitement.

Dans les cultures, le choix de plantes et de variétés adaptées au contexte local contribue à diminuer les besoins d’irrigation, et donc les prélèvements d’eau. L’entretien ou l’implantation de haies et de talus au bord des parcelles cultivées peut contribuer à limiter le ruissellement et l’érosion qui en découle (en savoir plus sur la lutte contre les inondations et contre l’érosion). Dans les milieux humides, préférer l’élevage aux cultures permet une valorisation agricole de ces milieux sans nécessiter leur aménagement, ce qui préserve leur fonctionnement naturel.

Enfin, certains modes de production agricole, comme l’agro-écologie, l’agroforesterie ou encore l’agriculture biologique, permettent de réduire l’impact potentiel de l’activité agricole sur la qualité des milieux aquatiques et des ressources en eau.

Les prélèvements d’eau sont encadrés par le Code de l’environnement (en savoir plus sur la réglementation des prélèvements d’eau). Ils peuvent être soumis à autorisation ou à déclaration. En cas de sécheresse, des dispositifs de restriction des usages sont déclenchés au cas par cas. En cas de crise importante, ces dispositifs peuvent entraîner leur interdiction. Dans les territoires où les prélèvements sont trop importants par rapport aux ressources disponibles, la mise en place d’une démarche de « gestion quantitative équilibrée » permet d’établir des volumes prélevables maximum à ne pas dépasser.

Les effluents agricoles des plus gros élevages relèvent de la réglementation dite des installations classées pour la protection de l’environnement (ICPE).  Pour les autres exploitations, les rejets directs d’effluents dans les milieux sont interdits par le Code de l’environnement. Les modalités selon lesquels ils doivent être stockés sur l’exploitation puis épandus dans les cultures sont spécifiées par la réglementation ICPE ou le règlement sanitaire départemental.

L’utilisation de substances phytosanitaires épandues sur les cultures est également encadrée par la réglementation : substances autorisées, périodes et conditions météorologiques durant lesquelles les traitements sont interdits, modalités de gestion des résidus de traitement, etc. Les épandages d’engrais sont aussi couverts par la réglementation.
En savoir plus sur la lutte contre la pollution de l’eau.

Enfin, afin de préserver le fonctionnement naturel des milieux aquatiques, l’aménagement des milieux est réglementé dans le cadre de la procédure des installations, ouvrages, travaux et aménagements soumis à la Loi sur l’eau, dite « procédure IOTA ». Ainsi, le drainage des milieux humides et le curage, la rectification ou le busage de cours d’eau, doivent être déclarés auprès des services de police de l’eau des directions départementales des territoires (DDT), et peuvent nécessiter une autorisation selon leur envergure (en savoir plus sur la limitation de l’artificialisation des milieux).