Si la variabilité des caractéristiques chimiques et écologique des estuaires, deltas et lagunes est en partie naturelle (en savoir plus sur le fonctionnement naturel des eaux de transition), elle peut être fortement accentuée par les activités humaines. Aux abords de ces milieux de transition et sur le bassin versant, ces activités sont susceptibles d’impacter leur état (en savoir plus sur les usages de l’eau et des milieux aquatiques).

Les premiers suivis des eaux littorales - eaux côtières et milieux de transition - sont menés dans les années 1970 pour évaluer ces impacts potentiels. Ils portent alors uniquement sur la contamination chimique de l’eau, sans tenir compte de l’écosystème dans son ensemble : seuls les paramètres physico-chimiques et la présence de certains polluants sont pris en compte. Progressivement, ils sont étendus à la matière vivante (coquillages, poissons), puis aux sédiments. D’autres suivis spécifiques sont venus les compléter progressivement.

Une innovation introduite par la directive-cadre sur l’eau (DCE) (en savoir plus sur la DCE) est la prise en compte de l’ensemble des compartiments écologiques dans l’évaluation de la qualité des milieux de transition : l’eau, la faune, la flore, les habitats. Ainsi le bon état d’un milieu de transition requiert non seulement une bonne qualité de l’eau, mais aussi un bon fonctionnement, évalué à partir d’éléments de qualité biologique animaux (poissons, invertébrés) et végétaux (plantes aquatiques, algues et phytoplancton), physico-chimiques (phosphore, nitrate, pH) et hydromorphologiques (débit d’eau douce, régime des marées, etc.).

L’état d’un d’un estuaire, d’une lagune ou d’un delta au sens de la DCE comprend deux aspects : un état chimique et un état écologique.

Les données d’état des eaux de transition, rapportées à la Commission européenne au titre de la DCE, sont accessibles sur le site Rapportage. Consultez l’état chimique et l’état écologique de près de 100 masses d’eau de transition.

Les substances surveillées pour évaluer la qualité chimique sont, en particulier, les pesticides, les métaux lourds, les hydrocarbures, les polychlorobiphényles (PCB), etc. (en savoir plus sur les polluants). La concentration de ces substances est comparée à des normes de qualité environnementale (NQE). Si la concentration de toutes les substances suivies est inférieure aux NQE, alors le milieu est estimé en bon état chimique.

Si une seule molécule dépasse sa NQE, le milieu n'atteint pas le bon état chimique. La liste des substances suivies et la valeur des NQE sont révisées régulièrement. Cela permet de tenir compte de l'utilisation de nouvelles molécules et de l'avancée des connaissances ou des techniques d'analyse.

Pour évaluer l'état écologique d'une eau de transition, les paramètres qui le constituent sont comparés à une situation dite "de référence", où l'influence des activités humaines serait nulle. Si l'écart des paramètres mesurés par rapport à la situation de référence reste faible, alors le milieu est estimé en bon état écologique. Plus l'écart est grand, plus le milieu est considéré comme dégradé. La situation de référence tient compte des spécificités naturelles de l’écosystème : elle est par exemple différente pour un estuaire, une lagune et un delta.

Dans le cas de milieux trop fortement modifiés, il se peut que l’atteinte du bon état écologique soit impossible parce que le milieu ne fonctionne plus comme un milieu naturel. L’objectif est alors d’atteindre un bon potentiel écologique, dont les critères d’atteinte sont adaptés.

Trois types de paramètres sont mesurés :

• les éléments de qualité biologique, à l'aide d’indices spécifiques,  prennent en compte la présence ou l'absence de certaines espèces : les poissons, les macrophytes (plantes aquatiques) et le phytoplancton (algues microscopiques) ;
• les éléments de qualité physico-chimique : par exemple, la température, l’oxygène dissous ou les nutriments (nitrates, phosphore) ;
• les éléments de qualité hydromorphologique, qui font référence aux caractéristiques morphologiques de l’écosystème et à sa dynamique hydrologique : régime de marées, morphologie des berges, etc.

En parallèle de l’évaluation de l’état des eaux de transition dans le cadre de la DCE, deux directives dites « nature » (la directive « habitats-faune-flore » 92/43/EEC et la directive « oiseaux » 2009/147/EEC) conduisent à évaluer l’état de conservation des espèces et habitats d’intérêt communautaire, c’est-à-dire les espèces et habitats considérés comme étant les plus vulnérables, menacés, rares ou endémiques, de l’Union européenne. Effectuée à une échelle beaucoup plus large que celle d’un estuaire ou d’une lagune - celle de la région biogéographique - cette évaluation concerne des espèces et des habitats aquatiques.

L’évaluation porte sur plusieurs paramètres comme par exemple l’aire de répartition, la population (spécifique aux espèces) et la surface (spécifique aux habitats). Les perspectives et évolutions futures sont aussi prises en compte, sur la base des menaces prévisibles et évaluables. À partir de ces paramètres, l’état de conservation d’une espèce ou d’un habitat peut être favorable, défavorable inadéquat (en mauvais état sans être en danger d’extinction) ou défavorable mauvais (en danger d’extinction). En l’absence de connaissances suffisantes, il est déclaré inconnu.

Les données d’inventaire d’habitats (dont les habitats aquatiques) sont accessibles sur le site de l’INPN.
Consultez les données de plus de 20 000 habitats.

Des listes rouges pour les espèces en risque d'extinction

Les espèces font  l’objet d’une évaluation spécifique concernant leur risque d’extinction. Cette évaluation est réalisée par l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) sur la base de plusieurs critères, comme le nombre d’individus capables de se reproduire, le nombre de populations de l’espèce et leur isolement les unes par rapport aux autres, etc. Un risque est alors attribué à chaque espèce, depuis une “préoccupation mineure” jusqu’à un “danger critique” d’extinction.

Le Comité français de l’UICN adapte ces listes à la situation nationale. Révisées régulièrement, ces listes informent ainsi sur l’état biologique des espèces aquatiques. Par exemple, en 2010, parmi les 69 espèces de poissons d’eau douce de France métropolitaine évaluées, 15 sont menacées d’extinction (d’après UICN France).

La mauvaise qualité d’un estuaire, d’un delta ou d’une lagune a de nombreuses conséquences. Elle nuit à la vie de la biodiversité qui en dépend, par exemple les oiseaux migrateurs si l’abondance des espèces dont ils se nourrissent diminue, ou les espèces de poissons dont les larves grandissent dans ces milieux. Elle peut même provoquer la disparition des espèces les plus sensibles. Dans ce cas, seules les espèces les plus résistantes survivent dans un milieu de mauvaise qualité, qui devient alors pauvre en diversité.

La santé et la sécurité des personnes peuvent aussi être menacées. La baignade peut devenir dangereuse, par exemple du fait du développement de bactéries ou d’algues microscopiques potentiellement toxiques (en savoir plus sur les contaminations bactériologiques et l’eutrophisation).

De l’eau est par ailleurs prélevée dans certaines lagunes. Les traitements de potabilisation permettent d’éviter les risques sanitaires (en savoir plus sur l’eau potable). Ils ont cependant un coût : la mauvaise qualité d’une ressource participe à augmenter le prix de l’eau potable produite à partir de cette ressource. Si la qualité devient trop mauvaise, il n’est plus possible de la rendre potable à un coût acceptable : la ressource doit être abandonnée.

Plus largement, tous les usages de l’eau et de ces milieux sont susceptibles d’être affectés par un mauvais état (en savoir plus sur les usages). Un mauvais état chimique peut par exemple conduire à l’interdiction de consommer le poisson, impactant fortement la pêche professionnelle. Des contaminations bactériologiques peuvent impacter l’aquaculture en rendant impossible la commercialisation des coquillages élevés sur le littoral. Dans les lagunes, l’excès de substances nutritives peut provoquer des phénomènes de « malaïgue », assimilables à une asphyxie plus ou moins durable de l’écosystème, avec des dommages pour le tourisme mais aussi pour la conchyliculture ou la pêche.

Heureusement, des solutions existent pour protéger et améliorer l’état des écosystèmes de transition (en savoir plus sur la protection des estuaires, deltas et lagunes).

Depuis les premiers suivis réguliers de la qualité des milieux de transition, mis en place dans les années 1970, le réseau de stations de surveillance a évolué pour couvrir aujourd'hui l'ensemble du territoire, et constituer le programme national de surveillance avec plus de 100 stations.

Ce programme de surveillance est conforme aux prescriptions de la DCE (en savoir plus sur la DCE). L'emplacement des stations de mesure n'ayant été modifié que lorsque cela était nécessaire, certaines stations enregistrent un historique de données de surveillance depuis 1974.

La surveillance menée en France aujourd’hui couvre la physico-chimie, la biologie (à l'aide d'indicateurs dédiés), l'hydromorphologie et la recherche et la quantification de polluants chimiques.

Le référentiel des stations de mesure de la qualité des eaux de transition est accessible sur le site du Sandre.

Les données de qualité des eaux littorales (eaux de transition et eaux côtières) sont accessibles sur le site Quadrige.
Consultez les paramètres physiques, les concentrations de substances chimiques, les inventaires d'espèces et l'hydromorphologie sur environ 300 stations de mesure.

Les actions de surveillance sont menées par l'État et ses établissements publics, qui sont en charge de la production de données sur un ou plusieurs aspects relatifs au milieu. Si certaines données peuvent être acquises à l'aide de stations automatiques, beaucoup nécessitent une visite de terrain sur la station. Des bureaux d'études agréés pour ces mesures peuvent être chargés de réaliser les suivis.

Les données de qualité de l’eau du robinet sont accessibles sur le site Eau potable. Consultez les données sur l’ensemble des communes.

Les données de qualité de l’eau des sites de baignade sont accessibles sur le site Baignade.
Consultez les données sur l’ensemble des sites.

Les classements et statuts sanitaires des zones conchylicoles sont accessibles sur l’Atlas des zones conchylicoles.
Consultez les informations sur l’ensemble des zones de production et de reparcage de coquillages.