L’activité de pêche est susceptible d’impacter les populations des espèces présentes naturellement dans les milieux : si les prélèvements sont trop importants par rapport à la capacité de renouvellement d’une population, ils peuvent provoquer la diminution progressive de l’abondance de cette espèce. On parle alors de surpêche. Cumulés à d’autres facteurs, comme les destructions d’habitats ou les contaminations chimiques, les prélèvements peuvent favoriser la disparition totale d’espèces (en savoir plus sur les captures d’espèces).

Après utilisation de l’eau par les équipages des bateaux et épuration (si le bateau est équipé d’une station de traitement), les rejets d’eau épurée constituent néanmoins un risque potentiel pour les milieux. Selon la performance des équipements d’épuration embarqués, les eaux usées peuvent contenir des matières organiques et des nutriments, mais aussi des résidus de médicaments ou des métaux lourds par exemple (en savoir plus sur la pollution de l’eau).

Les rejets directs de substances dans les milieux par les activités de loisirs sont souvent accidentelles, comme les fuites de carburant. Mais les peintures antisalissures employées pour protéger la coque des bateaux contiennent des produits biocides dangereux pour les milieux aquatiques. Leur dissémination potentielle dans l’eau lors de la navigation est une source de pollution chimique de l’eau. Si le carénage du navire n’est pas effectué en cale sèche conformément à la réglementation, des résidus de peintures peuvent être rejetés dans le milieu en quantité importante. En outre, les activités de loisirs peuvent générer des déchets variés : lignes de pêche cassées, déchets ménagers jetés depuis une embarcation, sacs plastiques emportés par le vent, etc. (en savoir plus sur les déchets).

Enfin, les activités de loisirs sont susceptibles de générer des dégradations d’habitats naturels, notamment par le mouillage des bateaux dans des zones inappropriées ou le piétinement des pêcheurs à pieds et des baigneurs : les récifs d’hermelles ou les herbiers de zostère sur l’estran, les frayères sur les cours d’eau, les herbiers dans les plans d’eau, etc. peuvent être directement impactés. En outre, les loisirs peuvent provoquer des dérangements d’espèces si les usagers ne respectent pas une distance minimale avec la faune.

Par leurs bonnes pratiques, tous les usagers contribuent à diminuer voire supprimer ces impacts potentiels. Dans le cas de la pêche, par exemple, les pêcheurs amateurs peuvent contribuer à la protection des ressources en respectant les tailles et quotas des captures, en n’utilisant que les engins autorisés, en respectant les zones et périodes d'interdiction, etc. (en savoir plus sur les captures d’espèces et les espèces protégées).

Pour les plaisanciers, privilégier les mouillages sur le sable ou l’amarrage à des corps-morts limite l’abrasion d’habitats naturels (plus importante lors d’un mouillage à l’ancre dans des zones sensibles ou protégées, par exemple les herbiers de posidonie). Pour l’entretien des bateaux, la réalisation du carénage dans des aires appropriées évite les contaminations directes du milieu.

Le projet Life Pêche à pied de loisir (Life PAPL) a généré la production d’un grand nombre de données sur les usages de la pêche à pied de loisir en Manche et Atlantique, et sur l’état du milieu marin sur la zone d’estran.

L’outil BD ESTAMP, financé par l’Office français de la biodiversité (OFB) est une application Web pour centraliser, sécuriser et valoriser les données issues des suivis écologiques et d’usages sur les estrans au sein des Aires marines protégées (AMP).

Le stockage des eaux noires à même le bateau pour les rejeter plus tard dans des systèmes de collecte évite de dégrader directement la qualité des eaux, en particulier dans les ports en raison de la concentration des bateaux. Par ailleurs, l’utilisation de produits d’entretiens biodégradables contribue à limiter la pollution générée par les rejets d’eaux grises dans les milieux.

Pour limiter la production de déchets, il convient de s’assurer du bon entretien du matériel afin d’en éviter la casse. Les objets légers comme les sacs plastiques doivent être surveillés pour ne pas être emportés par le vent. Il convient en outre de ne pas abandonner ses déchets dans les milieux, mais de systématiquement les apporter à un point de collecte.

Enfin, tous les usagers de loisirs doivent s’assurer de respecter les zones protégées, notamment pour éviter les dérangements d’espèces ou les destructions d’habitats naturels.

La pêche de loisir en eau douce est encadrée par le Code de l’environnement, et, sur le littoral et dans les eaux côtières, par le Code rural et de la pêche maritime. Les deux Codes déterminent les dates d’interdiction de la pêche, la liste des espèces dont la capture est autorisée, les tailles minimales à respecter, les engins dont l’utilisation est interdite, etc. Pour s’adapter aux spécificités locales, ces règles peuvent être complétées par des dispositions prises par les directions départementales des territoires et de la mer (DDTM).

Pour limiter la pollution des milieux lors de la navigation de plaisance, le traitement des eaux usées est obligatoire avant leur rejet. En milieu côtier, la convention MARPOL autorise toutefois leur rejet sous certaines conditions, à une distance minimale de 3 milles marins du rivage et 12 milles en l’absence de traitement de désinfection et de broyage (d’après OMI). Les rejets de toute substance polluante tels que les carburants sont strictement interdits. Les peintures antisalissures contenant les substances les plus dangereuses pour les milieux et la biodiversité font par ailleurs l’objet d’une interdiction, en particulier celles qui contiennent du tributylétain. Enfin, le carénage des bateaux doit s’effectuer dans des aires ou des cales qui y sont dédiées : il est interdit sur l’estran ou à flot.

Les activités de baignade ne sont pas réglementées en tant que telles, néanmoins de nombreuses dispositions plus générales s’appliquent : interdiction d’abandonner des déchets, respect de périmètres de protection d’espaces naturels, etc.