Après un début de mois très sec, des épisodes pluvio-orageux se sont succédés sur les régions méridionales avec un épisode cévenol majeur du 18 au 20 septembre provoquant des crues et des inondations dévastatrices. En fin de mois, des perturbations actives ont circulé sur la quasi-totalité du pays avec des pluies abondantes du sud-ouest au nord-est et en Corse et des chutes de neige précoces sur les massifs. La pluviométrie a ainsi été géographiquement très hétérogène. Les cumuls ont été excédentaires au sud de la Garonne, sur le nord du Massif central et en Corse mais sont restés globalement déficitaires sur le nord-ouest ainsi que sur le flanc est de l’Hexagone. En moyenne, sur l’ensemble du pays, le déficit a été supérieur à 10 %.
Les températures ont été estivales en journée une grande partie du mois. Associées à une pluviométrie encore déficitaire, elles ont contribué à maintenir la sécheresse des sols superficiels sur un grand quart nord-est.
Au cours de l’année hydrologique (septembre 2019 à août 2020), le cumul de précipitations a été excédentaire de près de 10% en moyenne sur la France.
Durant la période de recharge de septembre 2019 à mars 2020, la pluviométrie a été excédentaire en moyenne de plus de 20% sur la France. L’excédent a dépassé 30% sur le Roussillon ainsi que plus localement le long de la côte atlantique et de la Savoie, à l’est de la région Provence Alpes Côte d’Azur. En revanche, les précipitations ont été en moyenne déficitaires de l’Alsace au nord d’Auvergne-Rhône-Alpes et le long du couloir rhodanien. Hormis en juin, elles sont ensuite restées déficitaires sur le quart nord-est où une sécheresse sévère des sols superficiels s’est installée.
En septembre, les débits de cours d’eau restent globalement faibles sur l’ensemble du pays avec une légère augmentation des stations présentant des valeurs inférieures au médian, 73 % contre 70 % en août.
Au 1er septembre, le taux de remplissage des retenues a baissé par rapport au mois précédent sur l’ensemble du territoire.
Au 09 octobre 2020, 63 départements ont mis en œuvre des mesures de restrictions des usages de l’eau. À titre de comparaison, sur la même période l’an passé, 83 départements étaient concernés par un arrêté préfectoral de limitation des usages. Ce chiffre était de 59 en 2018.