Les prélèvements d’espèces concernent en premier lieu la pêche et la chasse. La pêche peut être professionnelle : les espèces exploitées sont alors principalement des poissons, des crustacés et des mollusques (en savoir plus sur la pêche professionnelle). La pêche de loisir concerne sensiblement les mêmes espèces, mais sans revente et selon des modalités différentes (en savoir plus sur la pêche récréative). La chasse est une activité considérée comme uniquement de loisir. Les espèces chassées qui sont prélevées dans les milieux aquatiques ou à leur abords sont essentiellement des oiseaux (canards, bécassines, petits échassiers, etc.).

À ces deux activités s’ajoute la cueillette de certaines espèces végétales, à des fins personnelles ou commerciales. Cela concerne essentiellement des espèces littorales comme les salicornes et les algues, utilisées pour leurs qualités gustatives, et ramassées par des cueilleurs professionnels (qui vendent le produit de leur cueillette) ou des cueilleurs de loisir (pour leur consommation personnelle et familiale).

Le projet Life Pêche à pied de loisir (Life PAPL) a généré la production d’un grand nombre de données sur les usages de la pêche à pied de loisir en Manche et Atlantique, et sur l’état du milieu marin sur la zone d’estran.

L’outil BD ESTAMP, financé par l’Office français de la biodiversité (OFB) est une application Web pour centraliser, sécuriser et valoriser les données issues des suivis écologiques et d’usages sur les estrans au sein des aires marines protégées (AMP). En savoir plus sur la base de données ESTAMP.

Outre les activités professionnelles ou de loisirs, le braconnage - le fait de capturer des espèces illégalement - participe également au prélèvement d’espèces, que ce soit sous la forme de techniques ou de pièges non autorisés, ou de pêche ou de chasse exercées en dehors des dates d’ouverture par exemple.

Enfin, une partie des prélèvements est accidentelle. C’est le cas des captures accessoires lors de pêche réalisée à l’aide de techniques non sélectives, comme les chaluts. Lors de la navigation en mer, des bateaux heurtent parfois des mammifères marins ou d’autres espèces, entraînant leur mort. Pour certaines espèces comme les poissons migrateurs, les turbines des barrages hydroélectriques sur les rivières peuvent provoquer des mortalités en période de migration. Enfin, les espèces capables de sortir de l’eau (mammifères, oiseaux, amphibiens, insectes, etc.) subissent aussi des mortalités lors du passage des routes : des loutres sont par exemple régulièrement renversées par des voitures, lorsqu’elles quittent la rivière pour passer d’un bassin versant à l’autre.

Les populations se renouvellent naturellement : une partie des individus meurt sous l’effet de la vieillesse, de maladies ou de prédateurs, mais cette mortalité est généralement compensée par une nouvelle génération d’individus. Chez certaines plantes (dites plantes annuelles), c’est toute la population qui meurt durant l’automne ou l’hiver, et la régénération est assurée par le stock de graines. Un équilibre relatif existe ainsi à l’état naturel : l’effectif d’une population animale ou végétale installée dans un écosystème fluctue d’une année à l’autre, mais à long terme l’espèce se maintient dans le milieu.

Le prélèvement d’espèces a pour effet d’augmenter artificiellement le taux de mortalité dans une population. Si cette augmentation devient trop importante par rapport à son renouvellement naturel, les effectifs commencent à décliner : la reproduction ne compense plus les pertes. La population est alors dite surexploitée, comme dans le cas de la « surpêche » d’une population piscicole par exemple.

Associée à d’autres facteurs (par exemple la destruction d’habitats, la pollution de l’eau, etc. - en savoir plus sur les pressions qui s’exercent sur la biodiversité aquatique), la surexploitation peut provoquer la réduction d’une population jusqu’à un stade où sa stabilité n’est plus garantie. Dans ce cas, même si les prélèvements sont interrompus, le nombre d’individus restant est trop faible pour garantir la survie de la population : celle-ci risque alors de s’éteindre.

Une espèce se compose généralement de plusieurs populations (c’est-à-dire de plusieurs groupes d’individus relativement indépendants les uns des autres), installées dans les différentes parties de son aire de répartition. La disparition d’une des populations ne signifie pas que l'espèce disparaît totalement : elle s’apparente davantage à une extinction locale. Cependant, les prélèvements concernent généralement plusieurs populations - parfois toutes - d’une espèce. Dans ce cas, le risque d’extinction totale est réel. C’est par exemple le cas de l’anguille européenne, menacée de disparition sur l’ensemble de son aire de répartition, notamment en raison de prélèvements multiples, par la pêche professionnelle, les turbines des barrages ou la prédation des juvéniles.

De nombreuses techniques permettent d’éviter les prélèvements accidentels. Par exemple, les navires de pêche peuvent être équipés de dispositifs de dissuasion acoustique qui repoussent les cétacés, et évitent leur capture accidentelle dans les filets de pêche, ou leur heurt en navigation.

Pour limiter les mortalités liées au trafic routier, la présence de passages à faune réguliers le long des routes permet de diminuer fortement les prélèvements, comme les batrachoducs pour les grenouilles et crapauds.

Dans le cas des ouvrages hydroélectriques, les turbines peuvent par exemple être interrompues lors des pics de migration des poissons pour limiter les mortalités.

La mise en œuvre d’une exploitation durable des populations est également possible, pour la pêche et la chasse. Elle s’appuie sur la détermination de quotas de prélèvements, qui garantissent le renouvellement durable de la population l’année suivante. Ils sont répartis entre les différents pêcheurs ou chasseurs, puis révisés chaque année pour tenir compte des évolutions de la population et des usages. Ils peuvent s’accompagner de consignes de taille ou d’âge minimal. Par exemple, la taille minimale de capture d’un brochet en pêche de loisir est de 50 ou 60 cm selon les départements, pour permettre aux jeunes individus d’atteindre l’âge adulte et se reproduire (d’après FNPF).

En complément, une réglementation encadre les prélèvements d’espèces.
La pêche de loisir en eau nécessite ainsi une carte de pêche (ou permis de pêche). En mer ou sur le littoral, il n’y a pas de carte pour la pêche récréative, mais des restrictions de taille ou de nombre de prises (en savoir plus sur la pêche de loisir).
La pêche professionnelle fait l’objet d’une autre réglementation qui lui est spécifique (en savoir plus sur la pêche professionnelle).
Sur le littoral, la pêche à pied peut être interdite plusieurs années sur certaines zones afin de laisser aux populations prélevées le temps de se renouveler.

Retrouvez sur le Portail National des données sur les Poissons Migrateurs (Ponapomi) les données portant sur 11 espèces migratrices de France métropolitaine, et accédez à des informations complémentaires.

L’exercice de la chasse nécessite lui aussi la détention d’un permis. Des périodes d’ouvertures sont déterminées afin d’interrompre les prélèvements lors de la période de reproduction des espèces. Par ailleurs, seule une liste déterminée d’espèces peut être chassée.