Les prélèvements pour l’agriculture, destinés pour plus de 90 % à l’irrigation, concernent surtout la moitié sud du pays, et, dans une moindre mesure, le Centre-Ouest. L’irrigation intervient en complément des apports pluviométriques pour améliorer les rendements ou compenser les périodes de sécheresse. Cette eau est en majorité puisée en eaux de surface (58 % en 2020), avec cependant une situation contrastée entre le Sud, où les eaux de surfaces sont majoritaires (plus de 85 %), et les bassins du Centre et de l’Ouest, où la proportion est inverse (plus de 85 % de prélèvements en eaux souterraines). (d’après SDES, 2023).

La banque nationale des prélèvements quantitatifs en eau (BNPE) recense les informations sur les prélèvements sur la ressource en eau en France métropolitaine et dans les départements d’outre-mer.

L’eau prélevée est utilisée en grande majorité pour l’irrigation, essentiellement durant la période estivale.
Dans ce cas, une part importante de l’eau utilisée est consommée, selon l’intensité de l’évapotranspiration (en savoir plus sur l’évapotranspiration).

Les autres usages agricoles - abreuvement du bétail, entretien des bâtiments, etc. - ont lieu toute l’année mais ne représentent qu’une part minoritaire des volumes d’eau utilisés pour l’agriculture.

Les eaux usées produites par les activités agricoles sont généralement appelées effluents. Ces effluents agricoles sont de nature variée : eaux de lavage des équipements, des étables, des porcheries, des salles de traite, des poulaillers, des fonds de cuves de préparations de produits phytosanitaires, etc. Conformément à la réglementation, les effluents agricoles ne doivent pas être rejetés dans les milieux naturels.

Les effluents d’élevage les plus riches en matière organique, en azote et en phosphore - notamment le fumier et  le lisier - sont collectés et stockés, par exemple dans une fosse, pour être ensuite épandus comme engrais dans les champs. Les autres effluents liquides (moins chargés), comme les eaux de lavage contenant du lait, peuvent servir de diluant pour l’épandage du lisier. Ils peuvent aussi être traités sur l’exploitation par une station de traitement, ou être envoyés vers une station d’épuration si une convention a été passée entre l’exploitation et la municipalité.

Les effluents contenant des substances phytosanitaires en faible concentration (les fonds de cuve de pulvérisateur par exemple) sont épandus sur les parcelles. Les autres sont stockés sur l’exploitation. Ils peuvent alors être traités sur place si l’exploitation est équipée d’une station de traitement appropriée. Dans le cas contraire, et pour les effluents trop concentrés, ils sont envoyés vers un centre de traitement des déchets dangereux.

Pour les autres effluents de lavage, le traitement est similaire : station d’épuration si une convention existe avec la collectivité, traitement sur l’exploitation par un équipement adapté, ou envoi vers un centre de traitement des déchets.

En dehors des prélèvements d’eau et des rejets dans les milieux, les activités agricoles peuvent aussi influencer le cycle de l’eau par une modification des milieux. Par exemple, les aménagements réalisés sur les milieux humides dans le but d’accélérer le désengorgement des terres et l’évacuation de l’eau modifient le fonctionnement hydrologique des bassins versants. Le drainage des milieux humides diminue le volume d’eau retenu suite aux précipitations. Les travaux de recalibrage ou de creusement - qui sont réalisés essentiellement sur les ruisseaux et les très petits cours d’eau - augmentent la réactivité de l’amont des bassins versants aux précipitations : les écoulements vers l’aval sont plus importants et plus courts.

La création de retenues d’eau pour constituer des réserves utilisables pour l’irrigation peut modifier localement les flux d’eau. Si la retenue est remplie en hiver par des prélèvements dans les cours d’eau, elle induit localement une diminution des débits hivernaux. Dans le cas d’un remplissage par prélèvement dans une nappe d’eau, une partie de la ressource souterraine locale est transformée en ressource de surface.