Des perturbations actives se sont succédé tout au long du mois dans une ambiance souvent assez fraîche et maussade avec des températures en moyenne à peine de saison et un déficit d’ensoleillement sur l’ensemble du pays. Les précipitations ont été parfois diluviennes lors d’épisodes pluvio-orageux intenses en début de mois, notamment sur la Provence et la Côte d’Azur le 4, l’ouest des Pyrénées et le Limousin le 6 puis les Cévennes le 7, provoquant par endroits des inondations et des coulées de boue et occasionnant d’importants dégâts sur les Pyrénées-Atlantiques et les Hautes-Pyrénées. Les limites perturbées pilotées par la dépression Aïtor qui a circulé du 25 au 27 sur le nord de l’Europe ont également généré des cumuls de pluie très abondants de la façade atlantique au Grand Est ainsi que sur le Nord-Pas-de-Calais et les Alpes du Nord.

Les pluies ont été très abondantes sur la quasi-totalité du pays. Les cumuls mensuels ont dépassé une fois et demie la normale sur la majeure partie du territoire, atteignant souvent deux à trois fois la normale de la Nouvelle-Aquitaine au Bassin parisien et à l’Auvergne. En revanche, la pluviométrie a été généralement déficitaire de 20 à 50 % sur le sud de la Bretagne et le Languedoc et jusqu’à localement 70 % sur le Roussillon. À l’échelle de la France et du mois, la pluviométrie a été excédentaire de près de 60 %. Septembre 2024 se classe au dixième rang des mois de septembre les plus arrosés sur la période 1959-2024. Il a été le mois de septembre le plus arrosé depuis 25 ans, sans égaler l’excédent de 70 % de septembre 1999.

En ce qui concerne les sols superficiels, ils se sont nettement humidifiés sur une grande partie du pays. Ils sont extrêmement humides par endroits de la Bretagne à la Lorraine et à l’Auvergne ainsi que du sud de l’Aquitaine à l’Ariège alors qu’ils restent très secs à extrêmement secs sur l’est de l’Aude et le Roussillon.

En septembre, la vidange se poursuit sur une grande partie du territoire, avec 70% des niveaux en baisse. Les niveaux sont en hausse ou stables sur les secteurs arrosés du centre et du sud du territoire. L’étiage 2024 s’annonce très satisfaisant puisque 73% des niveaux sont au-dessus des normales mensuelles. La situation reste inquiétante, avec des niveaux bas à très bas, sur les nappes du littoral du Roussillon, du Languedoc et du nord-est de la Corse.
En octobre, les tendances dépendront essentiellement des précipitations efficaces locales et de la sensibilité de la nappe. Concernant les nappes réactives, la période de recharge devrait débuter sur les secteurs arrosés. L’évolution des situations dépendra des cumuls de recharge. Concernant les nappes inertielles, les tendances devraient rester orientées à la baisse ou se stabiliser et la situation ne devrait évoluer que modérément.

Sur l’ensemble du territoire, les débits des cours d’eau marquent une amélioration sensible tout comme l’hydraulicité qui dépasse le plus souvent les valeurs moyennes sur l’ensemble du territoire à l’exception du Roussillon et du Massif Centrale où des débits inférieurs à la médiane sont encore présents.

Au 14 octobre, 22 départements sont concernés par des restrictions des usages de l’eau au-delà de la vigilance dont 12 départements ont mis en œuvre des mesures de crise. À titre de comparaison en 2023 sur cette même période, 90 départements avaient mis en œuvre des mesures de restrictions des usages de l’eau et 86 départements étaient concernés en 2022.