Les conditions anticycloniques ont dominé, entrecoupées de quelques épisodes pluvio-orageux intenses. Le temps est resté chaud et sec la majeure partie du mois, avec un épisode de forte chaleur inédit du 3 au 11. Avec une température moyenne de 21.1 °C, soit 3.6 °C au-dessus de la normale, septembre 2023 a été le mois de septembre le plus chaud que la France ait connu depuis le début du XXe siècle. Des pluies diluviennes se sont abattues du Haut-Languedoc aux Cévennes du 15 au 17 puis de l’Ardèche à la Drôme et à l’Isère le 18 lors du premier épisode méditerranéen de l’automne.

Les passages perturbés ont été rares sur une grande moitié est de l’Hexagone et en Corse. Ils ont été un peu plus fréquents sur la façade atlantique avec localement plus de dix jours de pluie du Finistère aux Pyrénées-Atlantiques. Les précipitations, le plus souvent orageuses, ont été très hétérogènes. Elles ont été excédentaires de plus de 25 % par endroits des Ardennes à l’est des Pays de la Loire, à la côte aquitaine et au Gers ainsi que plus localement sur l’Allier et la Saône-et-Loire. Les cumuls ont parfois atteint deux à trois fois la normale sur l’ouest du Poitou, la Drôme et l’Ardèche et jusqu’à quatre fois la normale sur le nord de l’Hérault. En revanche, les pluies ont été généralement déficitaires sur le reste du territoire. Le déficit a dépassé 25 % sur le Nord-Pas-de-Calais et a souvent atteint 50 à 75 % du Nord-Est à l’Occitanie, voire localement plus. En moyenne sur la France et sur le mois, la pluviométrie a été déficitaire de 20 %.

Le déficit pluviométrique combiné aux températures très élevées pour la saison a provoqué l’assèchement des sols superficiels sur la quasi-totalité du pays. Si l’indice d’humidité des sols reste globalement conforme à la saison sur le Nord-Ouest, la façade atlantique et les Alpes, il est en revanche généralement très en dessous de la normale du Nord-Est à l’est de la Nouvelle-Aquitaine, au Midi toulousain et au pourtour méditerranéen ainsi qu’en Corse.

Courant septembre, la vidange se poursuit et les niveaux des nappes sont généralement en baisse (70%). Les orages de mi-septembre ont été peu efficaces pour la recharge des nappes. La situation se dégrade entre août et septembre : 66% des niveaux sont sous les normales mensuelles en septembre (62% en août 2023). L’état des nappes est contrasté. Il demeure sous les normales mensuelles sur une grande partie du pays, notamment sur le pourtour méditerranéen, le couloir Rhône-Saône et le sud de l’Alsace.

Globalement sur l’ensemble du territoire, les débits des cours d’eau se sont détériorés par rapport au mois précédent et sont faibles par rapport à la normale.