Les températures ont été quasi estivales en journée sur une grande partie du pays en milieu de mois. Associées à une pluviométrie déficitaire de plus de 50 % du Grand-Est au Massif central, au Gard et à l’intérieur de la Provence, elles ont contribué à renforcer l’assèchement des sols superficiels du Gard au sud de l’Ardèche et de la Drôme, de l’ouest de l’Auvergne au Berry et à la Bourgogne ainsi que des Ardennes aux Vosges et au Bas-Rhin.

Durant le mois de septembre, la vidange se poursuit et la majorité des niveaux des nappes d'eau souterraine baissent. Les pluies de septembre ont eu un effet uniquement sur les nappes réactives du littoral méditerranéen. La baisse des niveaux s’est fortement accélérée en fin d’été sur les secteurs ayant connu un déficit pluviométrique associé à une forte sollicitation du fait des prélèvements d'eau. 
En septembre, les nappes inertielles sont encore l’effet du déficit pluviométrique estival associé à une forte sollicitation. Les nappes d’Auvergne-Rhône-Alpes et du sud de Centre-Val-de-Loire présentent des niveaux nécessitant une surveillance renforcée. Les niveaux sont généralement très inférieurs à ceux de l’année précédente à cette même époque. L’étiage 2019 s’annonce comparable à plus sévère que les basses eaux 2017.

Le taux de remplissage des retenues est à la baisse, en particulier sur les bassins versants du Rhin, de l'Adour et de la Neste. Concernant les débits, la situation se dégrade par rapport au mois précédent et 63% des stations de suivi du réseau ONDE sont en rupture d'écoulement ou en assec.

Au 14 octobre 2019, 84 départements ont mis en œuvre des mesures de restriction des usages de l’eau.
À titre de comparaison, sur la même période l’an passé, 62 départements étaient concernés par au moins un arrêté préfectoral de limitation des usages. Ce chiffre était de 55 en 2017, 30 en 2016 et 25 en 2015 à la même date.