Les pluies, souvent orageuses, ont été abondantes sur la façade ouest, le Massif central ainsi que sur les Vosges, le Jura et les Alpes. Les passages perturbés se sont succédés sur une grande partie du pays tout au long du mois. Des pluies orageuses se sont parfois accompagnées de forts cumuls sur les Alpes-Maritimes, l'île de Beauté et les Cévennes. En revanche, les précipitations ont été déficitaires, parfois de plus de 25 %, de la Haute-Normandie à la Bourgogne et à la frontière belge, sur le nord de l'Alsace, le long du couloir rhodanien, autour du golfe du Lion et du nord-ouest à l'est de la Corse.

Sur les trois derniers mois, les sols se sont nettement asséchés sur une large moitié nord et est du pays. De la Haute-Normandie aux Hauts-de-France et jusqu’au Grand Est, en Côte-d’Or et dans l’Orne, les sols sont extrêmement secs.

Au sud de ces régions et dans la région Auvergne-Rhône-Alpes, les sols restent très secs. Concernant les eaux souterraines, comme au mois de mai, la situation est contrastée sur le territoire. Le bénéfice de la recharge abondante de l’hiver dernier se poursuit. En juin, cependant, la vidange concerne la quasi-totalité des nappes, les niveaux sont majoritairement repartis à la baisse. La situation au mois de juin reste satisfaisante sur la majeure partie du territoire avec des niveaux autour de la moyenne voire supérieurs à celle-ci. Néanmoins, la situation reste moins favorable dans les secteurs où la recharge et les pluies du printemps ont été moins importantes. Les nappes de la plaine d’Alsace, des couloirs de la Saône et du Rhône et de l’est du Massif Centre, affichent toujours des niveaux modérément bas à bas, comme les calcaires jurassiques du Berry pour ce mois de juin. 

Concernant les cours d’eau, les débits se sont globalement améliorés sur l’ensemble du pays avec une diminution des stations présentant des valeurs inférieures au médian, 56,5% contre 78% en mai. Les stations présentant des débits de base les plus faibles, inférieurs au décennal sec (couleur rouge), ont fortement diminué (46 stations en juin contre 187 en mai).

La situation des retenues a peu évolué par rapport au mois précédent. Les taux de remplissage sont élevés sur l’ensemble du territoire, à l’exception de quelques barrages dans le Grand Est. 

Au 9 juillet, 21 départements ont mis en œuvre des mesures de restrictions des usages de l’eau. À titre de comparaison, sur la même période l’an passé, 49 départements étaient concernés par un arrêté préfectoral de limitation des usages. Ce chiffre était de 9 en 2018.