Le décret vise, dans les anciennes zones d’excédent structurel (ZES), à remplacer le dispositif de limitation de la production d’azote issue d’effluents d’élevage, par une limitation des épandages d’azote "de toutes origines",  y compris non agricoles (boues des stations d’épuration des eaux usées, composts…), en cas de dépassement d’une valeur de référence. Ce système ne concerne donc a priori que la Bretagne, seule région qui comporte encore des zones anciennement en "excédent structurel".

Le texte intègre également la possibilité de mettre en place une déclaration annuelle des quantités d’azote, là encore "de toutes origines", par les personnes physiques ou morales détenant, cédant ou commercialisant à titre professionnel des fertilisants azotés, dans certaines parties de zones vulnérables. L'introduction de cette déclaration des flux d'azote par les "vendeurs" est une application de la loi d'avenir pour l'agriculture, l'alimentation et la forêt (LAAF) de 2014. Cette faculté pourra être mise en œuvre par les préfets de région. Elle sera néanmoins obligatoire sur l’ensemble de la région Bretagne "où elle permettra de consolider la connaissance des flux d'azote au sein des zones de surveillance et de procéder à des recoupements", indique le ministère de la Transition écologique. Cette formalité est d’ores et déjà prévue par les programmes d’actions de deux autres régions : pour la zone d’actions renforcées (ZAR) de Sernhac (Occitanie) et pour celle de la Corbelière (Nouvelle-Aquitaine). 

Des précisions sont par ailleurs apportées sur les modalités de sortie des anciennes ZES et zones d'actions complémentaires (ZAC). Les critères demeurent avant tout liés à la qualité de l'eau, et non aux pressions exercées, l’amélioration de la qualité de l'eau restant l'objectif premier de la réglementation "nitrates". La sortie de ZAC et de ZES sera ainsi prononcée si la teneur en nitrates de l’eau est inférieure à 50 milligrammes par litre pendant au moins deux années consécutives et, pour les bassins versants connaissant d’importantes marées vertes, leur bon état mesuré selon les objectifs définis par les schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (Sdage).

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