Répartition des espèces aquatiques de métropole, selon leur niveau de menace
Source : comité français de l’UICN 2009 (poissons), 2014 (crustacés) et 2015 (amphibiens)

^{Champ : France métropolitaine.
Source : comité français de l’UICN 2009 (poissons), 2014 (crustacés) et 2015 (amphibiens)}

Les « listes rouges » établies par l’Union internationale de conservation de la nature (UICN) indiquent le niveau de menace pesant sur chaque espèce. Près de la moitié des espèces d’amphibiens, de crustacés et de poissons d’eau douce ne sont pas menacées. En revanche, près d’un tiers d’entre elles - 184 espèces - sont en danger ou vulnérables et 4 espèces de poissons ont aujourd’hui disparu. Pour un quart des espèces, le niveau de menace reste inconnu, compte tenu des connaissances insuffisantes pour l’évaluer. Les poissons migrateurs sont particulièrement vulnérables, les obstacles dans les lits des rivières perturbant leur circulation et détruisant leurs habitats. Parmi les crustacés, les écrevisses sont également victimes de la compétition avec les écrevisses américaines introduites et de la propagation de pathologies. Les amphibiens dépendant des milieux humides souffrent notamment du drainage et du comblement des mares.