Les règles relatives à la protection de l’eau et des milieux aquatiques relèvent essentiellement des dispositions légales et réglementaires (décrets, arrêtés, etc) édictées et publiées en la matière. Elles peuvent être autonomes, ou issues de réglementations internationales (traités ou conventions ratifiés par l’État, par exemple) ou européennes (en général des directives soumises à transposition préalable, parfois des règlements d’application directe, etc.).

La plupart de ces dispositions sont regroupées et intégrées dans des recueils propres à une thématique, appelés « codes », permettant un accès facilité pour les usagers. Chaque code comporte une partie législative (lois) et une partie réglementaire (décrets). Les arrêtés en sont absents, mais sont parfois mentionnés ou publiés en annexe par des éditeurs privés. Le principal code s’appliquant à l’eau et aux milieux aquatiques est le Code de l’environnement (livre II, art. L ou R. 211-1 et suivants), mais d’autres code abritent des dispositions qui y sont liées : Code général des collectivités territoriales, Code rural et de la pêche maritime, Code de la santé publique, etc.

Pour assurer la cohérence de l’ensemble des dispositions juridiques, il existe une hiérarchie selon la nature des textes : chaque règle de niveau inférieur doit être conforme avec la totalité des règles qui lui sont supérieures. Ainsi, les règles européennes s’imposent aux règles nationales, elles même hiérarchisées - les lois d’abord, puis les décrets et arrêtés, etc – le tout conforme au cadre constitutionnel national (comportant depuis 2005 une charte spécifique de l’environnement).

Préserver les milieux aquatiques des dégradations liées aux activités humaines est une des missions assurées par les services de l’État et les établissements publics. Cette mission nécessite d’assurer un appui technique aux décideurs publics (en général les préfets ou le ministre) d’une part, et d’exercer des contrôles du respect des réglementations et décisions publiques sur le terrain d’autre part. Leur objectif : vérifier le respect des prescriptions administratives - le contrôle administratif - et constater les éventuelles infractions à la réglementation sur l’eau - la police judiciaire. Cette activité s’inscrit dans une stratégie de contrôle élaborée dans chaque département au sein de la Mission interservices de l’eau et de la nature (Misen), placée sous l’autorité du préfet et du (ou des) procureur(s) de la République.

Selon l’intensité des risques et dangers qu’ils représentent, les activités et usages susceptibles de générer une dégradation de l’état des milieux aquatiques peuvent requérir une déclaration ou une autorisation administrative préalable à leur réalisation. Dans ce cas, le dossier de déclaration ou de demande d’autorisation réalisée par le pétitionnaire fait l’objet d’une instruction par les services instructeurs de l’Etat, pour évaluer si l’activité proposée est acceptable au regard des objectifs de préservation ou restauration du milieu, en prenant en compte les autres usages préexistants. En cas de difficultés, et selon leur intensité, l’activité peut faire l’objet de prescriptions particulières à respecter, voire être refusée. En cas de manquement au respect de ces prescriptions, l’exploitant ou le propriétaire peut faire l’objet d’une mise en demeure (rappel à l’ordre), puis en cas de défaillance renouvellé s’exposer à des sanctions administratives.

À l’instar des policiers et gendarmes, les inspecteurs de l’environnement - commissionnés et assermentés pour exercer des missions de police judiciaire sous l’autorité du procureur de la République - sont habilités à rechercher et constater certaines infractions environnementales, en particulier celles relatives à la protection de l’eau (voir notamment les art. L. et R. 216-1 et suivants du Code de l’environnement).

Disposant de certaines prérogatives de police judiciaire (constatation, visite domiciliaire, audition, investigations, etc), ils sont amenés à identifier les mis en cause auteurs présumés d’infraction, et à dresser des procès-verbaux, constatant les infractions. À réception, les procureurs de la République décident des suites à donner à ces constats d’infraction, et peuvent dans les cas les plus graves ordonner des poursuites devant le tribunal correctionnel (délits) ou de police (contraventions). Les personnes condamnées s’exposent à des sanctions pénales classiques (amende, voire emprisonnement) voire spécifiques (obligation de réaliser des travaux de remise en état, mise aux normes d’installation...).

La  « police de l’eau » recouvre à la fois les activités de contrôle administratif et de police judiciaire (relatives à l’eau et aux milieux aquatiques). En matière judiciaire, les fonctionnaires ou agents publics ont la qualité d’inspecteurs de l’environnement, lorsqu’ils appartiennent à différents organismes publics :

• les services déconcentrés de l’État : services de police de l’eau des DDTM (directions départementales des territoires et de la mer) et services de police de l’environnement des DREAL (directions régionales de l’environnement, de l’aménagement et du logement) ;
• l’Office français de la biodiversité ;
• l’Office national de la chasse et de la faune sauvage ;
• les Parcs nationaux.

Selon leurs compétences techniques et leur service d’affectation, ils peuvent avoir deux types d’attribution : relatives à l’eau et à la nature, ou bien relatives à l’inspection des installations classées pour la protection de l’environnement.

La gendarmerie et la police nationale peuvent aussi participer aux actions de police de l’eau, de même que les maires et les agents de police municipale.

Afin de coordonner l’action des différents services de police ayant trait à l’eau et à l’environnement, chaque préfecture départementale est dotée d’une MISEN (mission inter-services de l’eau et de la nature). Réunie sous l’autorité du préfet de département, celle-ci rassemble les acteurs de police de l’eau ainsi que d’autres organismes effectuant des actions de police : Agence régionale de santé (police sanitaire), Office national des forêts (police de la nature), direction départementale de la protection des populations (protection animale), etc. Le rôle de la MISEN est notamment d’établir un plan de contrôle de police commun à tous ces intervenants. Elle permet aussi de faire le lien avec la mise en œuvre de la politique de l’eau et de la nature dans le département (en savoir plus sur la politique de l’eau). La DREAL (Direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement) assure la coordination des MISEN à l’échelle régionale.

Afin de coordonner l’action des différents services de police ayant trait à l’eau et à l’environnement, chaque département est doté d’une MISEN (mission inter-services de l’eau et de la nature). Réunie sous l’autorité du préfet de département, celle-ci rassemble les acteurs de police de l’eau ainsi que d’autres organismes effectuant des actions de police : Agence régionale de santé (police sanitaire), Office national des forêts (police de la nature), direction départementale de la protection des populations (protection animale), etc.
Le rôle de la MISEN est notamment d’établir un plan de contrôle de police commun à tous ces intervenants. Elle permet aussi de faire le lien avec la mise en œuvre de la politique de l’eau et de la nature dans le département (en savoir plus sur la politique de l’eau). La DREAL assure la coordination des MISEN à l’échelle régionale.