Les prélèvements d’eau réalisés pour l’alimentation des canaux sont entièrement restitués au milieu naturel, mais pas nécessairement sur le même bassin versant. Ils peuvent donc contribuer à l’abaissement des niveaux d’eau des cours d’eau dans lesquels ils sont réalisés (en savoir plus sur les prélèvements). En période sèche, ces prélèvements peuvent ainsi accentuer les étiages naturels des cours d’eau et leurs conséquences potentielles (en savoir plus sur la sécheresse).

La présence de navires dans les rivières et les canaux est susceptible d'entraîner des pollutions accidentelles, par exemple en cas de fuite d’huile ou de carburant. Par ailleurs, les peintures antisalissures employées pour protéger la coque des bateaux contiennent des produits biocides dangereux pour les milieux aquatiques. Leur dissémination potentielle dans l’eau lors de la navigation est une source de pollution chimique de l’eau. Si le carénage du navire n’est pas effectué en cale sèche conformément à la réglementation, des résidus de peintures peuvent être rejetés dans le milieu en quantités importantes. En outre, le transport peut générer des déchets variés : déchets ménagers de l’équipage, cargaison tombée à l’eau, etc. (en savoir plus sur les déchets).

Une autre source de pollution de l’eau est la survenue d’accidents de navigation, qui peuvent conduire à des relargages importants de carburant. Lorsque les navires impliqués sont des pétroliers, ces accidents peuvent conduire à de dramatiques marées noires destructrices pour les habitats naturels et la biodiversité (en savoir plus sur les marées noires).

En outre, le secteur génère une forte pollution atmosphérique. Selon l'Agence européenne pour l'environnement et l'Agence européenne pour la sécurité maritime, en 2019, les émissions de dioxyde de soufre (SO2) des navires faisant escale dans les ports européens avoisinaient 1,63 millions de tonnes, soit environ 16 % des émissions mondiales imputables au transport maritime international. Il est également responsable de 13,5 % de l’ensemble des émissions de gaz à effet de serre provenant des transports dans l’UE, derrière les émissions du transport routier (71 %) et de l’aviation (14,4 %).

De manière générale, les équipages des bateaux produisent des eaux usées.
Selon la performance des équipements d’épuration embarqués, les eaux usées peuvent encore contenir des matières organiques et des nutriments, mais aussi des résidus de médicaments ou des métaux lourds, par exemple.
Après épuration, leur rejet peut donc constituer un risque potentiel pour les milieux (en savoir plus sur la pollution de l’eau).

Le transport fluvial et maritime implique l’artificialisation des berges, le dragage du lit mineur ou encore l’artificialisation du littoral. Ajoutés aux régulations hydrologiques des rivières canalisées, ces aménagements modifient le fonctionnement naturel des milieux (en savoir plus sur l’artificialisation des milieux). Par exemple, le fonctionnement d’une rivière canalisée n’est pas le même que celui d’une rivière naturelle : les débits sont constants, les berges canalisées ne sont pas sources d’habitats pour la flore et la faune, etc. La qualité des canaux est donc évaluée avec des critères de qualité moins exigeants que les rivières et les fleuves naturels (en savoir plus sur la qualité des rivières).

Par leurs bonnes pratiques, les acteurs du transport fluvial et maritime peuvent contribuer à limiter les impacts de leur activité sur l’eau et les milieux aquatiques. En premier lieu, le bon entretien du matériel contribue à l’efficacité des installations de traitements des eaux usées. La maintenance des navires et le respect des consignes et recommandations de sécurité limitent par ailleurs les risques d’accidents de la navigation.

Dans le cadre des activités commerciales de transport de marchandises, une attention particulière doit être apportée au stockage et à la manipulation des produits transportés pour éviter tout rejet de déchets dans le milieu. Dans le cas du transport de conteneurs, par exemple, un chargement équilibré et conforme aux capacités du navire limite les risques de perte de conteneurs en mer.

La réglementation vise à protéger les ressources en eau et les milieux aquatiques. En cas de sécheresse, des dispositifs de restriction des usages sont déclenchés au cas par cas. En cas de crise importante, ces dispositifs peuvent entraîner l’interdiction des prélèvements (en savoir plus sur la sécheresse et les restrictions d’eau).

Pour limiter la pollution des milieux, le traitement des eaux usées (en savoir plus sur l’assainissement) est obligatoire avant leur rejet. Par ailleurs, le rejet de toute substance polluante - comme les carburants - est strictement interdit. Les peintures antisalissures contenant les substances les plus dangereuses pour les milieux et la biodiversité font l’objet d’une interdiction, en particulier celles qui contiennent du tributylétain. Le carénage des navires de transport est encadré par le Code de l’environnement et le Code des ports maritimes : il doit impérativement s’effectuer en cale sèche, et ne peut être réalisé à flot.

Enfin, afin de préserver le fonctionnement naturel des milieux aquatiques, l’aménagement des milieux est réglementé dans le cadre de la procédure des installations, ouvrages, travaux et aménagements soumis à la Loi sur l’eau, dite « procédure IOTA » (en savoir plus sur la réglementation). Par exemple, la réalisation d’aménagements portuaires au contact direct des eaux côtières nécessite l’obtention d’une autorisation de la direction départementale des territoires et de la mer (DDTM). Les projets de grande envergure - canalisation d’une rivière par exemple - relèvent de la procédure d’évaluation environnementale, et requièrent une autorisation de la direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement (DREAL) ou directement du ministère en charge de l’environnement.