Les prélèvements d’eau se limitent à la pisciculture en bassins (truite et esturgeon). L’eau provient d’un cours d’eau ou d’une source, dont une partie de l’écoulement alimente les bassins. Après s’être écoulée à travers l’exploitation, l’eau est presque intégralement rejetée dans le milieu - la part consommée est donc peu élevée. Du fait du petit nombre de fermes piscicoles, la quantité totale d’eau prélevée par cet usage est faible.

L’action de pêche implique des prélèvements de poissons, de crustacés et de coquillages. Les espèces pêchées diffèrent entre les fleuves, les estuaires et les eaux côtières. Les quantités prélevées dans les milieux varient pour chaque espèce en fonction de nombreux paramètres : nombre de pêcheurs exploitant l’espèce, réglementation en vigueur, techniques de pêche utilisées, etc. L’action de pêche vise à capturer les plus gros individus, c’est donc cette partie des populations de poissons et d’invertébrés qui est prélevée en priorité.

Dans le cas des techniques de pêche sélectives, seule l’espèce cible est prélevée dans le milieu. C’est par exemple la pêche à la ligne ou la pêche à pied, qui permettent de remettre à l’eau tout individu non désiré. Les techniques de pêche non sélectives impliquent au contraire des captures accessoires, c’est à dire des espèces qui ne sont pas commercialisables. C’est notamment le cas des arts traînants et coulissants : chaluts, dragues, sennes, etc.

Les quantités prélevées dans les milieux correspondent donc aux quantités commercialisées, auxquelles s’ajoutent les individus non commercialisés et les captures accidentelles.

Les rejets d’eau et de substances dans les milieux concernent principalement la pisciculture et l’aquaculture. En effet, les élevages de poissons nécessitent l’apport de nourriture pour leur développement, le plus souvent constituée de farines animales. Tous les aliments introduits n’étant pas consommés, une partie se dissémine dans le milieu. Il en est de même d’éventuels médicaments. À ces apports s’ajoutent les déjections des animaux. La qualité de l’eau rejetée dans le milieu peut facilement être surveillée et contrôlée lorsqu'un rejet localisé existe (pisciculture de bassin), mais ce n’est pas le cas lorsque l’élevage est réalisé directement dans le milieu naturel (pisciculture d’étang et pisciculture marine).

Les coquillages se nourrissent des éléments présents naturellement dans l’eau : contrairement à la pisciculture, la conchyliculture ne nécessite donc pas l’apport d’aliments pour leur croissance. Néanmoins, cette activité produit des déchets conchylicoles (débris de coquillage ou de matériel) qui peuvent être emportés par les marées et les courants s’ils ne sont pas collectés.

Les rejets de substances par la pêche sont souvent des cas accidentels, comme les fuites de carburant par exemple. Cette activité est cependant susceptible de rejeter d’autres formes de déchets, notamment lorsque le matériel utilisé - filets déchirés, lignes cassées, etc. - est perdu accidentellement dans le milieu. Des rejets d’espèces capturées accidentellement peuvent également se produire en mer : les animaux, généralement blessés ou morts ne sont pas ramenés au port.