Face à la dégradation de l’état de la biodiversité, la Commission européenne a adopté en 1992 la directive « habitats-faune-flore ». Ce texte vise à assurer la protection et la gestion des espèces sauvages et habitats naturels dits « d’intérêt communautaire » car considérés comme les plus menacés, vulnérables, rares ou endémiques.
La directive impose notamment l’application de mesures de conservation et des évaluations régulières de l’état de ces habitats et espèces. Ces bilans permettent d’orienter les actions à mettre en œuvre pour assurer ou restaurer le bon état de conservation des habitats et espèces d’intérêt communautaire, d’actualiser le réseau de sites « Natura 2000 » abritant ces habitats et espèces, et d’évaluer l’efficacité de la politique environnementale aux niveaux national et européen.
Sur la période 2007-2012, si seulement 26 % des évaluations réalisées en France indiquent un état favorable de l’ensemble des habitats et espèces d’intérêt communautaire, la situation est encore plus préoccupante pour les seuls habitats et espèces aquatiques d’eau douce (15 % seulement).