La directive « habitats-faune-flore », adoptée en 1992, vise à assurer la protection et la gestion des habitats naturels et des espèces dits « d’intérêt communautaire ».
Elle prévoit notamment que les États membres réalisent et transmettent, tous les six ans, une évaluation de l’état de conservation des espèces et habitats visés par cette directive. La France a transmis son 2^e rapport en 2013, pour la période 2007-2012.

Si seulement 26% des évaluations réalisées en France indiquent un état de conservation favorable pour l’ensemble des habitats et espèces d’intérêt communautaire, la situation est encore plus préoccupante pour les habitats et espèces aquatiques d’eau douce : 15% seulement d’évaluations en état favorable.Plus spécifiquement, l’état des habitats en eaux courantes (par exemple, les rivières) est moins critique que celui des habitats en eaux dormantes (comme les lacs ou les mares) : respectivement 16% et 5% en état favorable.
Quant aux 44 espèces inféodées aux eaux douces, leur état est considéré comme favorable pour seulement 17% des évaluations, avec une tendance au déclin de cet état pour les crustacés et les bivalves, mais à la stabilité pour les insectes et une partie des poissons.