La DCE définit le "bon état" d’une masse d’eau de surface lorsque l’état écologique et l’état chimique de celle-ci sont au moins bons. 
 

L’état écologique d’une masse d’eau de surface résulte de l’appréciation de la structure et du fonctionnement des écosystèmes aquatiques associés à cette masse d’eau. Il est déterminé à l’aide d’éléments de qualité : biologiques (espèces végétales et animales), hydromorphologiques et physico-chimiques, appréciés par des indicateurs (par exemple les indices invertébrés ou poissons en cours d’eau). Pour chaque type de masse d’eau (par exemple : petit cours d’eau de montagne, lac peu profond de plaine, côte vaseuse...), il se caractérise par un écart aux « conditions de référence » de ce type, qui est désigné par l’une des cinq classes suivantes : très bon, bon, moyen, médiocre et mauvais. Les conditions de référence d’un type de masse d’eau sont les conditions représentatives d’une eau de surface de ce type, pas ou très peu influencée par l’activité humaine.

L’état chimique d’une masse d’eau de surface est déterminé au regard du respect des normes de qualité environnementales (NQE) via des valeurs seuils. Deux classes sont définies : bon (respect) et pas bon (non-respect).
41 substances sont contrôlées : 8 substances dites dangereuses (annexe IX de la DCE) et 33 substances prioritaires (annexe X de la DCE).

Le bon état d’une eau souterraine est l’état atteint par une masse d’eau souterraine lorsque son état quantitatif et son état chimique sont au moins "bons".

Le bon état quantitatif d’une eau souterraine est atteint lorsque les prélèvements ne dépassent pas la capacité de renouvellement de la ressource disponible, compte tenu de la nécessaire alimentation des écosystèmes aquatiques.

L’état chimique est bon lorsque les concentrations en polluants dues aux activités humaines ne dépassent pas les normes et valeurs seuils, lorsqu’elles n’entravent pas l’atteinte des objectifs fixés pour les masses d’eaux de surface alimentées par les eaux souterraines considérées et lorsqu’il n’est constaté aucune intrusion d’eau salée due aux activités humaines.

Les méthodes et règles d’évaluation de l’état des eaux pour l’application de la DCE font l’objet d’un travail d’harmonisation entre les Etats membres. Il s’agit de garantir que les limites du bon état retenues par les différents Etats membres correspondent à des niveaux d’altération comparables et à des degrés d’exigence semblables vis-à-vis des pressions subies par les milieux.

Ces règles donnent lieu à des préconisations techniques et réglementaires, qui visent à actualiser, remplacer ou compléter les anciens systèmes d’évaluation, qui ne sont plus totalement adaptés dans le cadre de la directive cadre sur l’eau.

Il est à noter qu’en complément des règles d’évaluation DCE, des méthodes et règles permettant de répondre à des exigences réglementaires et des objectifs de connaissance ou de diagnostic spécifiques sont aussi nécessaires (par exemple pour des diagnostics ciblés des milieux vis-à-vis des nitrates ou pour la qualité de l’eau potable).